Os aplicativos mais comuns podem ser encontrados nos menus que o gerenciador de janelas apresenta, tais como shells, gerenciadores de arquivo e editores de texto. Quando a aplicação procurada não se encontra no menu, a maneira mais rápida de executá-la é através de uma shell.
A shell é na maioria das vezes o primeiro aplicativo procurado por um usuário Unix, pois agiliza a tarefa de interagir com o sistema. No X Window, o programa xterm disponibiliza a shell para o usuário. Praticamente todos aplicativos gráficos do sistema podem ser executados pelo usuário diretamente de um terminal. Recomenda-se fazer a execução do aplicativo em background para liberar a shell para outras atividades.