No X Window, as três teclas do mouse possuem uma função específica. Caso o mouse possua apenas dois botões, ou o botão do meio esteja desabilitado, o clique simultâneo dos botões esquerdo e direito simulam o efeito do botão central.
A tecla da esquerda é utilizada para selecionar elementos na tela (botões, menu, barras de rolagem etc), maximizar, minimizar e fechar janelas, além de marcar texto nos programas que permitam esta operação.
A tecla do meio é utilizada principalmente para colar objetos selecionado com o botão da esquerda, principalmente texto.
A tecla da direita abre menus na tela do tipo ``pop-up'' para o usuário. Sua utilização é mais intensiva se dá no gerenciador de janelas olwm. Neste sistema, as aplicações são chamadas com o mouse a partir do menu pop-up apresentado quando o usuário clica com o botão direito no fundo da área de trabalho.